Bunnahabhain staat in het noordoosten van het eiland Islay aan het water dat de eilanden Islay en Jura scheidt. De distilleerderij is de meest noordelijk gelegen van het eiland. Bunnahabhain komt uit het Keltisch en betekent " Monding van de rivier". De eerste new make spirit verliet de distilleerderij in het jaar 1882. Aan de distilleerderij is tot op heden weinig veranderd of gemoderniseerd. Men heeft alleen de moutvloeren verwijderd en in 1963 zijn er twee stills bijgekomen.